《微生物學(xué)報》（創(chuàng)刊于1953年，月刊）是由中國科學(xué)院微生物研究所和中國微生物學(xué)會共同主辦，國內(nèi)外公開發(fā)行的綜合性學(xué)術(shù)期刊，是中文核心期刊、中國科技核心期刊、中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫核心期刊。本刊致力于報道國內(nèi)外微生物學(xué)研究領(lǐng)域最新科研成果和研究進(jìn)展，促進(jìn)學(xué)術(shù)交流與合作。主要刊登普通微生物學(xué)、工業(yè)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)和獸醫(yī)微生物學(xué)、免疫學(xué)以及與微生物學(xué)領(lǐng)域交叉的原創(chuàng)性研究論文和綜述。已被Scopus、CA、BA、Cambridge Abstract、AJ、IC、JST、CNKI、WJCI等國內(nèi)外多家數(shù)據(jù)庫收錄。榮獲“中國精品科技期刊”“中國國際影響力優(yōu)秀期刊”“中國科協(xié)精品科技期刊工程項目”“中國百篇最具影響國內(nèi)學(xué)術(shù)論文”“中國科協(xié)優(yōu)秀論文”“中國精品科技期刊頂尖學(xué)術(shù)論文（F5000）”“中國科技期刊提能拓展計劃”等多項榮譽。

《微生物學(xué)通報》（創(chuàng)刊于1974年，月刊）聚焦微生物學(xué)前沿進(jìn)展與關(guān)鍵技術(shù)，推動學(xué)科理論創(chuàng)新與成果轉(zhuǎn)化。通過刊發(fā)基礎(chǔ)研究、應(yīng)用技術(shù)及交叉學(xué)科的高質(zhì)量論文，搭建國內(nèi)外學(xué)術(shù)交流平臺，促進(jìn)微生物資源開發(fā)、生物技術(shù)突破及產(chǎn)業(yè)應(yīng)用。本刊為中文核心期刊，已被國內(nèi)外多家重要數(shù)據(jù)庫(CSA(NS)、CA、PЖ(AJ)、IC、CSCD、CNKI等)收錄。核心總被引頻次、綜合評價總分等期刊主要引證指標(biāo)多年穩(wěn)居“微生物學(xué)、病毒學(xué)類”第1名。曾獲中國科協(xié)精品科技期刊學(xué)術(shù)質(zhì)量提升項目，12次入選“百種中國杰出學(xué)術(shù)期刊”。2024年入選中國科技期刊卓越行動計劃中文領(lǐng)軍期刊及中國科學(xué)院精品科技期刊建設(shè)試點項目。

《菌物學(xué)報》（英文刊名Mycosystema）的前身為《真菌學(xué)報》，1982年創(chuàng)刊，由中國菌物學(xué)會主辦，是我國菌物學(xué)（真菌、粘菌、卵菌）領(lǐng)域的專門學(xué)術(shù)期刊，報道該領(lǐng)域的最新研究進(jìn)展和具創(chuàng)造性或較高學(xué)術(shù)水平的論文和簡報。已在國內(nèi)外學(xué)術(shù)界享有較高的聲譽，對繁榮和發(fā)展我國真菌科學(xué)并與國際接軌作出了積極貢獻(xiàn)。 本刊是國際菌物學(xué)界信賴的刊物之一，也是我國自然科學(xué)核心期刊。已被國際國內(nèi)著名重要數(shù)據(jù)庫和檢索期刊收錄，促進(jìn)了國內(nèi)外學(xué)術(shù)交流，主要包括Index Copernicus；CA (美國“化學(xué)文摘”)； Abstracts of Mycology (美國“菌物學(xué)文摘”)；Index of Fungi (英國“菌物索引”)；Review of Plant Pathology (英國“植物病理學(xué)文摘”)；Bibliography of Systematic Mycology (英國“系統(tǒng)菌物學(xué)文獻(xiàn)目錄”)；Bibliographie der Pflanzenschutz literature(德國“植物保護(hù)文獻(xiàn)目錄”)；中國科技信息研究所數(shù)據(jù)庫（CJCR）；中科院文獻(xiàn)情報中心《中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫》（CSCI）；《中國學(xué)術(shù)期刊文摘》；《中國農(nóng)業(yè)文摘》；《中國生物學(xué)文摘》；北京大學(xué)圖書館《中文核心期刊要目總覽》。

《生物工程學(xué)報》（創(chuàng)刊于1985年，月刊）是由中國科學(xué)院微生物研究所和中國微生物學(xué)會主辦的學(xué)術(shù)期刊，主要報道生物工程領(lǐng)域的創(chuàng)新研究成果和最新進(jìn)展。目前是中文核心、中國科技核心、CSCD核心、中國科技期刊卓越行動計劃一期和二期入選期刊，已被EI、MEDLINE/PubMed、Scopus、CA、BA、AJ、JST、中國知網(wǎng)、萬方等重要數(shù)據(jù)庫收錄。獲“中國精品科技期刊”“百種中國杰出學(xué)術(shù)期刊”“中國最具國際影響力學(xué)術(shù)期刊”等榮譽，以及中國科協(xié)中文科技期刊精品建設(shè)計劃、中國科學(xué)院精品科技期刊建設(shè)試點項目等項目擇優(yōu)支持。

mLife是由中國科學(xué)院主管、中國科學(xué)院微生物研究所主辦（中國微生物學(xué)會為合作單位）的我國微生物學(xué)領(lǐng)域第一本綜合性高起點英文期刊。mLife瞄準(zhǔn)全球微生物學(xué)領(lǐng)域高水平科研成果和前沿進(jìn)展，報道內(nèi)容覆蓋微生物學(xué)各個學(xué)科。mLife的辦刊目標(biāo)是打造微生物學(xué)領(lǐng)域綜合性國際旗艦期刊。目前，mLife已被國內(nèi)外重要數(shù)據(jù)庫ESCI、PubMed Central、Scopus、CSCD、DOAJ、CAS等收錄。2024年mLife首獲影響因子4.6，位于微生物學(xué)領(lǐng)域Q1區(qū)。

hLife是中國科學(xué)院微生物研究所主辦，中國生物工程學(xué)會和上海市免疫治療創(chuàng)新研究院聯(lián)合支持，與國際出版商愛思唯爾合作的健康科學(xué)領(lǐng)域綜合性英文期刊。

Mycology: An International Journal on Fungal Biology（中文刊名：《真菌學(xué)》, ISSN 2150-1203, e-ISSN 2150-1211, CN 10-1918/Q）由中國科學(xué)院微生物研究所和中國菌物學(xué)會主辦、Taylor & Francis開放出版。作為我國真菌學(xué)領(lǐng)域第一個自主創(chuàng)辦并擁有獨立版權(quán)的國際刊物，期刊多年來得到依托單位及國內(nèi)外真菌學(xué)家的大力支持，目前處于良好發(fā)展態(tài)勢，2021年被ESCI數(shù)據(jù)庫收錄，2022年成為海外回歸計劃首批入選期刊。Mycology將在中科院微生物研究所的大力支持和菌物學(xué)會的協(xié)同指導(dǎo)下，通過建設(shè)高水平的編輯、出版、運營團(tuán)隊，完善構(gòu)建國際化高水平的編委會和國際化出版和運行平臺，組織邀約高水平稿源等工作，努力打造國際化學(xué)術(shù)期刊交流平臺。